Фамилия Гандарин — одна из тех, что не сразу поддаются расшифровке. Её основа, «гандар-», не встречается в списке распространённых русских имён или прозвищ, поэтому здесь приходится выбирать между двумя версиями, и одна из них выглядит убедительнее.

Самое вероятное объяснение — прозвище Гандаря, Гандара, связанное с диалектным словом «гандарить». В южнорусских и украинских говорах так могли говорить о человеке, который говорит громко, шумно, сварливо, или же о том, кто медлителен, вял (значения различаются по областям). В любом случае, прозвище носило характерный, «говорящий» оттенок. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Гандарин — это «сын Гандари» или «человек из семьи Гандары». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским именем Гандар (вариант Кандар) или с топонимом, например, с рекой Гандара в бассейне Волги. Однако в этом случае фамилия скорее получила бы суффикс -ов (Гандаров), а не -ин. Поскольку -ин в данном контексте — более «домашний», русский суффикс, первая версия с прозвищем предпочтительнее.

Географически фамилия встречается рассеянно, но заметна в Ростовской области, Краснодарском крае и в некоторых районах Украины — то есть именно там, где бытовали южнорусские говоры со словом «гандарить». Это косвенно подтверждает прозвищное происхождение.

Сословного барьера у фамилии не было: Гандариными могли быть и крестьяне, и мещане, и казаки. Скорее всего, предок носителя этой фамилии получил уличное прозвище за манеру речи или поведения, и оно закрепилось за его потомками в качестве родового имени.