Фамилия Ганджалян — типичный пример армянской родовой фамилии, образованной по продуктивной модели. Суффикс -ян (в диалектах -янц) восходит к древнеармянскому форманту, указывающему на принадлежность к клану: «из рода таких-то». В русской традиции написания суффикс часто сохраняет -я- под ударением, что и закрепилось в форме Ганджалян.

Основа фамилии — прозвище Ганджала. Его происхождение спорно, и лингвисты предлагают несколько версий. Первая связывает слово с санскритским корнем в значении «сокровищница, казна». Если это так, то прозвище могло указывать на богатство предка: либо он был состоятельным человеком, либо занимал должность казначея. В армянской и персидской среде слово «гандж» (ср. персидское «гандж» — «богатство, клад») также хорошо известно, что делает версию о связи с финансами и ценностями наиболее устойчивой.

Вторая гипотеза — топонимическая. На Кавказе и в Средней Азии встречаются географические объекты с корнем «гандж»: село Ганджала в Лагодехском районе Грузии и ущелье Ганджал в Афганистане. В таком случае прозвище могло достаться человеку, выходцу из этих мест. Сами топонимы, скорее всего, восходят к тому же персидскому «гандж» — «богатство», то есть название местности могло означать «богатое место».

Не стоит исключать и бытовую версию: родители могли дать ребёнку прозвище Ганджала как имя-пожелание, вкладывая в него надежду на будущее богатство и власть. Такие «охранительные» или «программирующие» имена встречаются у многих народов.

Таким образом, фамилия Ганджалян, скорее всего, указывает либо на социальный статус или профессию предка (казначей, богач), либо на его географическое происхождение (из местности, названной «богатой»). В любом случае, корень «гандж» прочно связывает фамилию с идеей ценности и достатка.