Фамилия Ганузина — редкий случай, когда географическая привязка оказывается важнее разбора корня. Она почти наверняка происходит от названия деревни Ганузино, которая существовала в XIX веке в Могилёвской губернии (территория современной Беларуси). Жителей таких деревень часто записывали по месту жительства: «Ганузинец» — человек из Ганузина. Со временем прозвище закрепилось как фамилия с типичным русским суффиксом -ин, указывающим на принадлежность: «чей?» — Ганузина.

Сам топоним Ганузино, скорее всего, образован от личного имени Гануза. Это уменьшительная форма от канонического имени Иоанн (в русской народной традиции — Иван). Через польское или белорусское посредничество «Иван» могло превратиться в «Ганус», «Ганусь», а ласкательный вариант — в «Гануза». Суффикс -уз- здесь нехарактерен для русских прозвищ, но встречается в западнославянских и балтских говорах, что подтверждает белорусское происхождение фамилии.

Альтернативная версия выводит основу из диалектного глагола «ганузить» — докучать, приставать, ныть. В этом случае Гануза — прозвище капризного или назойливого человека. Версия возможна, но менее убедительна: глагол редкий и локальный, а топонимический след Ганузино прослеживается чётко.

Форма Ганузина — это женский вариант фамилии. Мужская форма — Ганузин. Окончание -а не меняет смысла, а лишь указывает на пол носителя в русской грамматической традиции. Сословная принадлежность предков неясна: фамилия на -ин могла принадлежать как крестьянам, так и мещанам или духовенству, но в данном случае, учитывая деревенский топоним, вероятнее всего, речь о крестьянском роде.