Фамилия Ганузин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Самый вероятный путь образования — от прозвища или имени Гануза. Эта основа, в свою очередь, восходит к крестильному имени Ган, сокращённой форме от Ганнибал (в русской традиции — имя библейского полководца) или от Агафон (через народную форму Ганя). Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ганузин буквально значит «сын Ганузы» или «человек из семьи Ганузы».

Менее очевидная, но правдоподобная версия связывает фамилию с диалектным словом «ганузить» — в некоторых говорах так говорили о человеке, который гнусавит, говорит в нос, либо о том, кто ноет, капризничает. В таком случае Гануза — прозвище по манере речи или характеру, а Ганузин — его потомок. Эта версия подкрепляется тем, что фамилии от глаголов с уменьшительным суффиксом -уза (ср. капризуля, ревуза) встречаются у восточных славян.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским областям, а также к казачьим регионам. В реестре Войска Запорожского XVII века встречаются прозвища Гануза, что указывает на возможную связь предков с казачьей средой. Сословно носители фамилии — скорее всего, крестьяне или казаки, не принадлежавшие к дворянству: фамилия не фиксируется в родословных книгах.

Написание Ганузин — единственное нормативное. Вариант Ганузинов встречается, но он вторичен и возник под влиянием более распространённой модели -ов. Сравните с однокоренными фамилиями: Ганин (от Ганя) — распространённая, Ганузин — редкая, что подчёркивает её локальный характер.