Фамилия Ганжеев — редкий случай, когда основа, скорее всего, не русская, а тюркская или кавказская, но оформлена она по стандартной русской модели. Суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Ганжеев, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Ганжей. Ударение, вероятно, падает на второй слог: Ганжéев.

Самая правдоподобная версия возводит основу к тюркскому слову «ганж» или «канж», которое в ряде языков (например, в карачаево-балкарском, кумыкском) означает «сокровище», «клад», «богатство». В переносном смысле так могли прозвать зажиточного человека, удачливого торговца или того, кто нашёл ценный клад. Встречается и вариант «Ганжа» — как личное имя или прозвище, известное на Кавказе (ср. город Гянджа в Азербайджане, название которого имеет ту же этимологию). Менее вероятна, но возможна связь с арабским «ханжа» (кинжал) — тогда прозвище мог получить мастер-оружейник или воин.

Фамилия Ганжеев географически привязана к регионам, где исторически смешивались русское и тюркское население: это Северный Кавказ, Нижнее Поволжье, отчасти Закавказье. В дореволюционных списках она почти не встречается — это говорит о том, что фамилия либо поздняя (конец XIX — начало XX века), либо бытовала в среде, не охваченной массовой фиксацией (например, у горских народов, получивших фамилии при переходе в русское подданство).

Если отталкиваться от словообразовательной модели, то перед нами патроним (отчество, ставшее фамилией) от прозвища на -ей. Такая форма характерна для южнорусских и украинских говоров, но в сочетании с тюркским корнем даёт уникальный гибрид. Носитель фамилии Ганжеев — почти наверняка потомок человека, которого окружающие выделили либо по достатку, либо по ремеслу, либо по происхождению из мест, где слово «ганж» было в ходу.