Фамилия Ганжеева — яркий пример того, как по суффиксу можно почти безошибочно определить регион происхождения. Основа здесь — Ганжа, а суффикс -ев указывает на южнорусские или украинские корни. В центральной и северной России чаще встречается форма Ганжин (с суффиксом -ин), а вот -ев характерен для территорий, где исторически сильны украинские говоры: Курская, Воронежская, Белгородская области, а также Дон и Кубань. Именно там фамилии с таким окончанием преобладают.

Сама основа, Ганжа, — это украинская форма имени или прозвища. Скорее всего, в её основе лежит разговорный вариант христианского имени Агафон (в народной форме Ганжа). Агафон в переводе с греческого — «добрый», «благой», так что имя несли с пожеланием доброго нрава. Однако есть и вторая, более прозаичная версия: в южных говорах «ганжа» — это самосад, махорка, дешёвый табак. Прозвище Ганжа мог получить либо курильщик, либо торговец этим товаром. Оба варианта правдоподобны, но версия с именем выглядит чуть древнее, так как прозвища от названий растений чаще вторичны.

Ударение в фамилии плавающее. В среде носителей можно услышать и Ганже́ева (с ударением на второй слог, что ближе к украинской фонетике), и Ганжее́ва (на третий слог, по аналогии с русскими фамилиями на -еев). Единого литературного стандарта нет, оба варианта допустимы.

По сословной принадлежности сказать что-то определённое сложно. Фамилия недворянская, её носителями в XIX веке были в основном крестьяне и мещане южных губерний. Встречаются и однокоренные фамилии — Ганжа, Ганженко, Ганжов, — все они сходятся к одному корню, но различаются по модели образования и географии. Ганжеева стоит в этом ряду как типичный пример фамилии, закрепившейся через отчество с украинским окончанием.