Фамилия Ганзиер — редкий пример фамилии, пришедшей в русский язык из немецкой среды, скорее всего, через еврейское или меннонитское население. В отличие от славянских фамилий на -ов или -ин, она сохранила исходную немецкую форму без адаптации суффиксами. Основа фамилии — немецкое слово Gans (гусь), а суффикс -er типичен для немецких фамилий, обозначающих профессию или занятие. Таким образом, Ганзиер — это «гусятник», то есть человек, который разводил гусей, торговал ими или, возможно, пас их. В немецких диалектах слово Gänser (производное от Gans) как раз и означало пастуха гусей или птицевода.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с топонимом: в Германии есть несколько мест с названием Gans или Ganz, и фамилия могла указывать на выходца оттуда (например, из города Ганза или деревни Ганц). Однако для фамилий с суффиксом -er, образованных от названий животных, профессиональное значение встречается чаще и считается основным в ономастике.

В Российской империи фамилия Ганзиер встречалась в основном среди немецких колонистов (особенно в Поволжье и на юге Украины), а также в еврейских семьях, где немецкая фамилия могла быть зафиксирована при переходе на фамилии по указу 1804 года. В таком случае она не обязательно указывала на реальное занятие предка — часто брали фамилию по случайному признаку или по прозвищу. Из-за редкости фамилии её носители, скорее всего, были сосредоточены в нескольких регионах, и сейчас встретить Ганзиера можно скорее в среде потомков немецких переселенцев, нежели в центральной России.

Отсутствие славянского суффикса говорит о том, что фамилия не подверглась русификации: её не переделывали в Ганзиеров или Ганзиерских. Это делает её ценной для генеалогии — по ней легко определить, что предки сохраняли немецкую культурную или языковую идентичность как минимум до момента фиксации фамилии.