Фамилия Гапурахунов — одна из тех, где на слух почти не осталось русских следов, но словообразовательная модель выдает фамилию, сформированную в русской языковой среде. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую модель («чей?» — сын такого-то). А вот основа — Гапурахун — явно иноязычного происхождения, и здесь ключ к происхождению фамилии.

Скорее всего, в основе лежит мужское личное имя Гапурахун, которое представляет собой сложносоставное тюркское или арабо-тюркское имя. Первая часть — «Гапур» (араб. «Гафур» — «всепрощающий», один из эпитетов Аллаха) в тюркской огласовке. Вторая часть — «рахун» (от араб. «рахман» — «милостивый») или же тюркский компонент, означающий «потомок», «сын». Таким образом, имя Гапурахун могло означать «милостивый Гапур» или «потомок Гапура». Это типичная модель для народов Северного Кавказа, особенно для кумыков, ногайцев, а также для татар и башкир, где имена из исламского корпуса соединялись с местными формантами.

География фамилии Гапурахунов сегодня тяготеет к Дагестану, Чечне и Ставропольскому краю. Встречается она и у казахов, но с другим окончанием (Гапурахунов — русская адаптация). В русском документообороте фамилия закрепилась именно в такой форме, когда к основе добавили стандартный русский суффикс принадлежности. Предок носителя такой фамилии, вероятно, был человеком, которого в сельской общине знали по имени Гапурахун — либо как уважаемого старца, либо как сына некоего Гапура. Фамилия не дворянская и не крестьянская в привычном русском смысле: она возникла в среде горских народов, которые в XIX–XX веках получали русские фамилии при переписях и паспортизации, часто просто прибавляя -ов к отцовскому имени.

Любопытная деталь: ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог — Гапурахуно́в. Это характерно для фамилий с длинной основой, где ударение смещается на суффикс, как в фамилиях Абдурахма́нов или Мухаметши́н. Встречается и вариант с ударением на третьем слоге — Гапура́хунов, но он менее распространен.