Фамилия Гарафутдинова происходит от арабского мужского имени Гарафутдин. В переводе на русский оно означает «вестник религии», «знаток религии» или «умеющий разъяснить каноны религии». Нарекая сына таким именем, родители желали, чтобы он вырос достойным, глубоко верующим мусульманином, способным наставлять других в вопросах веры.

Фамилия образована по стандартной для тюркских и кавказских народов модели: к основе Гарафутдин добавили русский патронимический суффикс -ов, а затем женское окончание -а. В таком виде фамилия закрепилась за женщиной, тогда как мужской вариант — Гарафутдинов. Эта модель типична для татар, башкир и ряда народов Поволжья и Приуралья, где в XIX–XX веках при переписях населения к мусульманским именам активно приписывали русские окончания.

Само имя Гарафутдин — сложное. Первая часть восходит к арабскому «гараф» (знать, ведать, разбираться), вторая — «дин» (вера, религия). Близкие по структуре фамилии — Гараев, Гарафеев, а также более распространённые Гарафутдиновы. Встречаются варианты написания с одной «ф» — Гараутдинов, но это уже искажение, возникшее из-за упрощения произношения в некоторых диалектах.

Процесс закрепления фамилий у мусульманских народов шёл неравномерно. У татар и башкир массово они появились только после ревизий XVIII–XIX веков. Поэтому точно сказать, в каком именно селе или городе впервые записали Гарафутдиновых, можно лишь по итогам генеалогического поиска в конкретных метрических книгах или ревизских сказках.