Фамилия Гарахина — женская форма, мужская — Гарахин. В основе лежит прозвище или неканоническое имя Гараха, а оно, скорее всего, восходит к тюркскому «кара» — «чёрный». Тюркские корни в русских фамилиях — явление частое, особенно в южных и восточных регионах, где русские долго соседствовали с татарами, башкирами, чувашами.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Гарахин, то есть сын или потомок Гарахи. Такая модель типична для фамилий, образованных от слов или имён, оканчивающихся на -а, -я. Мужская форма Гарахин склоняется как притяжательное прилагательное.

Версия с «кара» не единственная. В русских говорах «гарах» могло быть искажением слова «горах» (от «гора») — так могли прозвать человека, живущего на возвышенности, или же это диалектное прозвище с неясной семантикой. Но тюркский след надёжнее: в ономастике немало фамилий с корнем «кара» (Караев, Каратаев, Карамышев), и переход «к» в «г» при адаптации в русской среде — обычное дело.

Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном происхождении. Скорее всего, предки носителей фамилии жили в зоне контакта с тюркским населением — в Поволжье, на Урале или в южнорусских степях. Сословно это могли быть крестьяне или однодворцы, реже — служилые люди, получившие прозвище за внешность или нрав: «чёрный» в тюркских культурах часто означало «смуглый», «темноволосый» или «смелый, лихой».

Документальных свидетельств о фамилии до XVIII века нет, что типично для крестьянских прозвищных фамилий — они закрепились позже дворянских, в основном после ревизских сказок.