Фамилия Гарпатий — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Скорее всего, она не исконно русская, а имеет западноевропейские или греческие корни. Основная версия связывает её с латинским словом harpago — «крюк», «багор» или «хищник». В средневековой Европе, особенно в Италии и Франции, существовала фамилия Harpagio или Harpage, которая могла быть прозвищем человека цепкого, скупого или занимавшегося ловлей рыбы баграми. Русское окончание -ий характерно для фамилий, пришедших из польского, украинского или церковнославянского языков (сравните с фамилиями Лотарий, Илларий). Таким образом, Гарпатий — это, вероятно, русифицированная форма западной фамилии, которую мог получить выходец из духовенства, знавший латынь, или переселенец из Речи Посполитой.

Альтернативная, но менее вероятная версия — связь с древнегреческим мифом о гарпиях (полуженщинах-полуптицах, похитительницах душ). В этом случае фамилия могла быть семинарской, «говорящей», и её давали ученику духовной семинарии за мрачный вид или резкий нрав. Однако для искусственных семинарских фамилий типичнее окончания -ский (Гарпийский), а не -ий.

Что любопытно: фамилия Гарпатий практически не встречается в исторических документах по России до XX века. Это говорит о том, что она либо крайне локальна (например, в одной деревне), либо была изменена в ходе эмиграции. Носители с такой фамилией могли быть потомками обрусевших немцев, французов или греков. Разобрать её по русским суффиксам (как -ов или -ин) невозможно — модель образования здесь иноязычная, что и делает фамилию уникальной для русского ономастикона.