Фамилия Гарпун — редкий случай, когда основа прозвища не оставляет сомнений в своём значении. Гарпун — это не метафора и не искажённое имя, а прямое указание на занятие или характер предка. В русской традиции прозвища по орудиям труда давали либо самому мастеру, который его изготавливал, либо человеку, который им виртуозно владел. В данном случае речь почти наверняка идёт о гарпунщике — охотнике на морского зверя (тюленей, моржей, китов). Такие промыслы были распространены на Русском Севере, особенно в Архангельской губернии и на побережье Белого моря, а также у поморов. Поэтому географически фамилию стоит связывать именно с северными регионами, а не с южными или центральными.

Суффикс в фамилии нулевой — это так называемая «прозвищная» модель, когда слово без изменений становилось наследственным именем. По происхождению Гарпун — не семинарская и не дворянская фамилия, а скорее крестьянская или мещанская, возникшая в среде промышленников-зверобоев. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные случаи описываются как «фамилии от названий орудий труда» — то есть человек получал прозвище по предмету, с которым был неразрывно связан его повседневный быт.

Интересно, что слово «гарпун» пришло в русский язык из французского (harpon) через голландское посредничество, и закрепилось в северных говорах именно в эпоху активного китобойного промысла при Петре I. Таким образом, фамилия Гарпун — относительно поздняя, не старше конца XVII — начала XVIII века. Альтернативная версия, что это искажение тюркского имени (например, от «гар» — сила), крайне сомнительна: фонетика и реалии русского Севера дают более убедительное объяснение.

Носители фамилии встречаются единично, в основном в Архангельской, Мурманской областях и в Сибири (куда промысловики переселялись в XIX веке). Встретить Гарпуна в средней полосе России — большая редкость. Фамилия не имеет вариантов с суффиксами (-ов, -ин), что подчёркивает её прямое прозвищное происхождение: предка звали Гарпун, и это прозвище закрепилось за его потомками без изменений.