Фамилия Гайбуллоев — яркий пример того, как русский суффикс прирастает к восточному имени. Её основа — мужское имя Гайбулло, распространённое у таджиков и узбеков. Это имя, в свою очередь, восходит к арабскому «Гайб» (скрытый, тайный) и «Аллах»: Гайбулло можно перевести как «скрытый Богом», «тайна Аллаха» или «тот, кого хранит сокрытое (неведомое)». В исламской традиции «гайб» — это сокровенное знание, доступное только Всевышнему, поэтому имя несло оттенок божественной защиты и тайны.

Модель образования фамилии типична для регионов Средней Азии, которые входили в состав Российской империи, а затем СССР. Русский патронимический суффикс «-ев» (вариант «-ов» после мягких и шипящих) добавили к имени отца, чтобы создать фамилию по русскому образцу. В Таджикистане и Узбекистане такие фамилии на «-ев» и «-ов» массово закреплялись в советское время при паспортизации 1930-х годов. До этого люди чаще пользовались именем и именем отца (например, Гайбулло, сын такого-то), а фамилии в современном понимании не имели.

Географически фамилия Гайбуллоев почти наверняка отсылает к Таджикистану или северным районам Афганистана, где говорят на таджикском языке. В Узбекистане она тоже встречается, но реже, так как там аналогом чаще служит форма Гайбуллаев (с твёрдым «л» и другим ударением). Разница в написании — через «о» или через «а» — связана с особенностями передачи таджикских гласных в русской транскрипции: в таджикском языке буква «о» читается как долгий «у» или «о», близкий к арабскому.

В дореволюционную эпоху носитель такой фамилии мог быть из семьи ремесленников, торговцев или земледельцев — имя Гайбулло не было аристократическим, но и не считалось простонародным. Его давали в семьях, где ценили религиозное образование и уважали духовные смыслы. Скорее всего, предок Гайбуллоевых был мусульманином-суннитом, возможно, из числа грамотных людей, знавших Коран.

В современной России фамилия Гайбуллоев встречается нечасто — в основном среди выходцев из Таджикистана и их потомков. Она сохраняет прямую связь с личным именем, и для её носителя этимологический разбор не требует сложных реконструкций: достаточно знать значение имени отца.