Фамилия Гайдабуров — одна из тех, где прозвище предка почти полностью перекрывает этимологию, а разобраться в ней проще всего через южнорусские и украинские говоры. Основа — «гайдабура», слово с двумя разными, но одинаково выразительными значениями.

Первое и самое вероятное: гайдабура — это вольный, неспокойный человек, бродяга или смутьян. В украинских диалектах «гайда» — восклицание, означающее «пошёл», «прочь», «айда» (от тюркского «айда» — гони, погоняй). Вторая часть — «бура» (буря, неспокойный, вздорный человек). Сложение даёт портрет непоседы или задиры, которого в народе и прозвали Гайдабурой. Такие прозвища давали не по профессии, а по характеру.

Вторая версия связывает слово с конкретным занятием: в некоторых говорах «гайдабура» — тот, кто гоняет (гайда) бурлаков или бурлацкие артели, то есть подрядчик или старший на сплаве. Но это толкование более узкое и менее подтверждённое. Скорее всего, перед нами именно прозвище по поведению.

Суффикс -ов в фамилии указывает на типичную восточнославянскую модель: Гайдабура + -ов = «сын Гайдабуры», «из рода Гайдабуры». Фамилия образована от прозвища, а не от крестильного имени, и это сразу говорит о её недворянском, крестьянском или казачьем происхождении. В списках реестрового Войска Запорожского и в переписях Слобожанщины XVII–XVIII веков такие прозвища встречаются, хотя сама фамилия Гайдабуров не относится к числу самых частых.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины: Курская, Воронежская, Ростовская области, а также бывшие земли Войска Донского. В центральных и северных регионах она редка. Возможно, предки Гайдабуровых были не просто крестьянами, а людьми, связанными с вольными казачьими общинами, где прозвища по характеру давали охотно и без оглядки на сословные нормы.