Фамилия Генес — редкий случай, когда корень слова напрямую отсылает к библейскому тексту, но не через имя, а через географическое название. В основе лежит топоним Генисарет (Геннисарет) — так в Евангелии называется озеро, более известное как Тивериадское море или Галилейское море. В русской традиции XIX века закрепилось написание «Генес» как краткая, усечённая форма от «Генисаретский». По сути, это семинарская фамилия — искусственная, образованная в духовных училищах по модели «благозвучных» фамилий из церковной географии и библейских реалий.

Суффикса как такового здесь нет: слово «Генес» — это готовая основа, которую оформили по мужскому роду с нулевым окончанием. Такие фамилии встречаются в среде потомков духовенства, особенно у выходцев из южнорусских и украинских епархий. В отличие от фамилий на -ов/-ин, которые указывали на отца или ремесло, «Генес» — это «книжная» фамилия, её давали ученику при поступлении в семинарию, чтобы подчеркнуть его связь с сакральной историей.

У фамилии есть и другая, более прозаичная версия происхождения: от немецкого или еврейского личного имени Генес (вариант Иоганнес или Ханес). В этом случае фамилия могла появиться у переселенцев из Германии или у еврейских семей, живших в черте оседлости. Однако для русской фамилии Генес семинарская версия правдоподобнее: в метрических книгах XIX века носители чаще всего значатся как дети псаломщиков, дьячков и священников, а не как выходцы из немецких колоний.

Фамилия редкая, географически привязана к центральным и южным губерниям Российской империи — Киевской, Подольской, Херсонской. Встречаемость низкая, что характерно для семинарских фамилий: их создавали штучно, и массового распространения они не получили. Однокоренных аналогов в русской ономастике почти нет — можно назвать разве что фамилию Генисаретский, которая встречается ещё реже.