Фамилия Генце — редкий для России случай, когда немецкая фамилия сохранилась почти без изменений. Её корень — сокращённая форма одного из личных имён, популярных в немецкоязычных землях. Чаще всего за Генце стоит имя Генрих (Heinrich), где «Генц» — это южнонемецкий или баварско-австрийский вариант уменьшительной формы. Вторая версия, менее распространённая, возводит фамилию к имени Ганс (Hans), но в этом случае ожидалась бы форма Генцель или Генц. Скорее всего, носитель фамилии — потомок переселенца из южной Германии или Австрии, где суффикс «-е» в фамилиях выполнял ту же роль, что русский «-ов»: указывал на принадлежность к роду, буквально «Генцев сын».

В отличие от многих немецких фамилий, которые русифицировали добавлением окончаний (Генцев, Генц), форма Генце устоялась. Это говорит о том, что предки могли быть не крестьянами, а горожанами или ремесленниками, переселившимися в Российскую империю в XVIII–XIX веках целыми общинами. В метрических книгах Поволжья и Причерноморья фамилия встречается в немецких колониях, но не массово — она всегда оставалась относительно редкой.

С точки зрения словообразования, суффикс «-е» здесь не русский, а исконный немецкий уменьшительный, застывший в фамилии. В России носители фамилии Генце могли быть лютеранами или католиками, а после революции — потомками тех, кто не уехал в Германию в 1910-е и 1940-е годы. Сегодня фамилия встречается эпизодически, и её обладатели почти наверняка знают о немецких корнях, хотя бы по семейным преданиям.