Фамилия Гергун — редкая и звучит не по-русски. Её основа и суффикс сразу указывают на нерусское, скорее всего, тюркское или кавказское происхождение. В русской ономастике фамилии на -ун обычно отталкиваются от глаголов (крикун, говорун), но здесь корень «герг» в таком значении не встречается. Это ключ: перед нами не славянская модель, а заимствованная основа, к которой в русской среде могли добавить фамильный суффикс или которая пришла уже в готовом виде.

Скорее всего, фамилия Гергун восходит к личному имени или прозвищу. Самый вероятный источник — тюркское имя Гергюн (Gergün), что в переводе с некоторых тюркских языков означает «приходящий день» или «дневной свет». Такие имена давали в мусульманских семьях, часто с пожеланием светлой судьбы. Встречается это имя у кумыков, ногайцев, балкарцев и других народов Северного Кавказа. Попадая в русскую среду, имя легко превращалось в фамилию без изменений — по модели, схожей с фамилиями типа Батыр, Ахмет. При этом суффикс -ун мог возникнуть и как местный диалектный вариант оформления фамилии у народов, говоривших на смешанных говорах.

Вторая версия, менее распространённая, выводит фамилию из греческого корня. В понтийском диалекте греческого языка слово «гергу́н» (γεργούν) означало «работящий», «трудолюбивый». Греки Приазовья и Крыма нередко получали прозвища по характеру или занятию, и такое прозвище могло закрепиться за родом. Однако эта гипотеза слабее, так как фамилия Гергун практически не встречается в документах греческих поселений XIX века, а вот среди тюркоязычных народов — да.

Географически фамилия Гергун чаще всего фиксируется в Ставропольском крае, Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии. Это регионы, где веками жили бок о бок тюркские и кавказские народы. Носители фамилии — потомки тех, кто в XIX–XX веках переходил на русский язык и получал паспорта, где имя отца или деда записывали как фамилию. Сословно это были крестьяне, ремесленники, реже — мелкие торговцы; дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Таким образом, фамилия Гергун — яркий пример того, как личное имя из тюркского мира, пройдя через русское делопроизводство, стало наследной фамилией. Её обладатели, скорее всего, происходят из народов Северного Кавказа, а исходное имя могло желать носителю света и удачи.