Фамилия Гергунова — женская форма фамилии Гергунов, и её разбор стоит начать с мужского варианта. Основа фамилии — прозвище или неканоническое имя Гергун. В нём легко угадывается корень «герг-», который в русских говорах мог быть связан с глаголом «гергать» — каркать, издавать гортанные звуки, а также браниться или ворчать. Человек с таким прозвищем мог получить его за хриплый голос, привычку громко спорить или сварливый нрав. Суффикс «-ун» в русских прозвищах типичен для деятеля по характерному действию: бегун, крикун, ворчун. Таким образом, Гергун — тот, кто «гергает», то есть каркает или ворчит.

Модель образования фамилии проста и типична для восточнославянской ономастики: к основе на твёрдый согласный добавляется патронимический суффикс «-ов». Гергунов — буквально «сын Гергуна». Женская форма Гергунова образована по общему правилу замены окончания на «-а».

Интересно, что фамилия встречается преимущественно в южнорусских регионах, особенно в Ростовской области и Краснодарском крае. Это наводит на мысль, что прозвище могло быть связано с местными говорами, где «гергать» имело более узкое значение, возможно, подражательное — звуку, издаваемому птицей или животным. В словаре Владимира Даля «гергать» фиксируется именно как «каркать», что отсылает к вороне или галке — птицам, которые в народной культуре нередко становились основой для прозвищ неугомонных или вещих людей.

Других версий происхождения, например от имени Герман или Герасим через промежуточную форму, лингвисты не предлагают — слишком специфичен корень. Фамилия остаётся редкой и чётко привязанной к прозвищной традиции, где внешняя или поведенческая черта предка закреплялась в родовом имени.