Фамилия Германенко — яркий пример украинской модели фамилий на -енко, которая в XVI–XVII веках была распространена в Поднепровье, а затем закрепилась по всей Левобережной и Слободской Украине. Суффикс -енко исторически означал «маленький», «сын» или «потомок», так что Германенко — это буквально «сын Германа» или «потомок человека по имени Герман».

Основа фамилии — крестильное имя Герман, латинского происхождения. Оно восходит к слову germanus, что значит «родной», «единокровный». В христианскую традицию имя вошло благодаря нескольким святым, в том числе патриарху Константинопольскому Герману, жившему в VIII веке. На Русь имя пришло после Крещения (IX–X века) вместе с византийской церковной книжностью, но славяне принимали его неохотно — в нём ощущалась чужеродность, и в народном быту оно часто смешивалось с именем Ермолай или заменялось на более привычное Григорий.

Из-за этой редкости имени в древнерусской среде фамилия Германенко могла указывать на выходца из привилегированного сословия. В украинских реестрах XVII–XVIII веков носители имени Герман и его производных чаще встречаются среди казацкой старшины, духовенства или мещан, а не среди крестьян. Впрочем, не исключено, что в отдельных случаях в основе фамилии лежит не имя, а прозвище Герман — так могли назвать человека, который побывал в немецких землях или подражал иноземным обычаям (в украинских говорах слово «герман» иногда употреблялось как синоним «немца»).

Географически фамилия Германенко сегодня наиболее плотно представлена в центральных и восточных областях Украины — в Черкасской, Полтавской, Днепропетровской, а также в приграничных районах России. Встречаются варианты написания с одной «н» (Германенко) и двойной (Германненко), но первый вариант исторически основной и закреплён в официальных документах.