Фамилия Гермоненко строится по очень узнаваемой модели — украинский суффикс -енко, который в XVI–XVIII веках означал «сын» или «потомок». Носитель такой фамилии — потомок человека с основой Гермон. Другие суффиксы здесь не просматриваются: окончание -о типично для украинских фамилий на -енко, и никакой другой вариант словообразования (например, отчество через -ович или польское -ский) к этой фамилии не применялся.

Сложность в основе — Гермон. В русском и украинском языках нет распространённого имени или прозвища с таким корнем. Первое, что приходит в голову, — связь с греческим именем Гермоген («рождённый Гермесом»). В народном произношении и при записи в церковных книгах длинное имя могли сократить до Гермон, а затем добавить фамильный суффикс. Такое усечение — обычное дело: от Гермогена получались фамилии Гермогенов, Гермонин, Гермоненко. Если это так, то предок был крещён именем Гермоген, которое в православных святцах носил священномученик Гермоген, патриарх Московский.

Второй вариант — топонимический. На карте Европы есть несколько географических названий Гермон: гора на Голанских высотах, а также деревни и замки во Франции (Hermon) и Белоруссии (Гермоны). Если предок переселился из местности с таким названием, его могли прозвать Гермоном, то есть «выходец из Гермона». Для украинских земель, где фамилии на -енко особенно массово закрепились в XVII–XVIII веках, версия с прозвищем по месту жительства не менее правдоподобна, чем имя по святцам.

Фамилия Гермоненко встречается почти исключительно в Украине, с наибольшей плотностью в центральных и южных областях — Черкасской, Кировоградской, Днепропетровской. За пределами Украины она редка, что подтверждает её локальное происхождение. В России фамилию могли принести переселенцы с Украины во время аграрных реформ Столыпина или в советское время, но массового распространения она не получила.

Из-за редкости основы в письменных источниках XVI–XVII веков установить точное имя первого носителя почти невозможно. Но сама модель — Гермоненко — ясно говорит: перед нами украинская фамилия, образованная от личного или прозвищного имени Гермон, которое, скорее всего, восходит к церковному Гермогену или к названию местности.