Фамилия Гермонов — редкий случай, когда в основе лежит не славянское имя или прозвище, а греческое. Образована она по стандартной модели с суффиксом -ов, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — Гермонов, то есть сын или потомок человека по имени Гермон. Само имя Гермон восходит к древнегреческому Ἑρμῆς (Гермес) — имени вестника богов, покровителя торговли и путешественников. В русской традиции такие имена встречались в среде духовенства: выпускники семинарий нередко получали «говорящие» фамилии, образованные от античных имён, названий добродетелей или праздников. Поэтому Гермонов — скорее всего, искусственная семинарская фамилия, а не уличное прозвище.

В отличие от фамилий, возникших из мирских имён (Иванов, Петров), Гермонов не мог появиться в крестьянской среде: в народе греческое имя Гермон не прижилось. Искать корни стоит в церковной иерархии XVIII–XIX веков. Сын священника, получивший при поступлении в духовное училище фамилию по имени бога Гермеса — типичный случай для той эпохи. Иногда такие фамилии давали в честь святого, но в православных святцах имени Гермон нет, так что выбор явно книжный, отсылающий к античной культуре, а не к христианской традиции.

Любопытно, что фамилия могла возникнуть и как вариант написания от Гармонов — через «а» в первом слоге. В южнорусских говорах «аканье» иногда фиксировалось на письме, но для фамилии Гермонов основная версия остаётся семинарской. Встречается она крайне редко: по переписям XIX века единичные носители жили в центральных губерниях, в основном в среде духовенства. Сейчас фамилия Гермонов — большая редкость, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска: почти все носители, скорее всего, потомки одного рода, вышедшего из церковной среды.