Фамилия Гермонина — женская форма фамилии Гермонин, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, в основе лежит нецерковное имя или прозвище Гермоня. Такое имя могло возникнуть от слова «герма» или «германец» в народном переосмыслении, либо от греческого «гермон» (опора, столп), но в русской среде это скорее прозвище, данное человеку с твёрдым, несгибаемым характером. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Гермонин, то есть сын или потомок Гермони.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с топонимом. В России есть несколько деревень с названием Гермоново (например, в Смоленской области), и фамилия могла образоваться от названия места жительства: «из Гермонова» — Гермонин. Однако такая модель чаще даёт фамилии на -ский, а не на -ин.

Фамилия редкая. По данным открытых источников, её носители встречаются преимущественно в центральной России и Поволжье, что косвенно подтверждает её русское, а не заимствованное происхождение. В дореволюционных метрических книгах Гермонины фиксировались среди крестьян и мещан — то есть это не дворянская, а простонародная фамилия, возникшая в среде, где прозвища давали по внешности или нраву.

Если сравнивать с однокоренными, то фамилия Гермов встречается чаще, а Гермонин — более архаичная форма, сохранившаяся в единичных родах. Никакой связи с античной мифологией (Гермес) или немецкими корнями (германец) здесь нет — это народная русская переделка, где исходное слово могло звучать как «Гермоня» или «Герман» с местным произношением.