Фамилия Гермонин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. На первый взгляд она напоминает отчество от имени Герман, но суффикс -ин указывает на иную модель образования, чем привычное -ов/-ев. В русской ономастике фамилии на -ин чаще всего образуются от основ на -а, -я: Иван — Иванов, но Илья — Ильин, Кузьма — Кузьмин. Имя Герман дало бы Германов, а не Гермонин. Значит, основа здесь не каноническое имя, а прозвище или диалектное слово.

Самая вероятная версия: в основе лежит прозвище Гермоня или Гермона. В русских говорах слово «гермон» могло означать нечто шумное, беспокойное — ср. диалектное «гермыкать» (ворчать, браниться) или «гермонить» (шуметь, ссориться). Такие прозвища давали людям с неуживчивым, крикливым характером. Суффикс -ин в этом случае стандартно превращает прозвище в фамилию: «чей?» — Гермонин, то есть сын или потомок Гермони.

Менее правдоподобна, но возможна связь с греческим именем Гермон (от Ἑρμῆς — Гермес). В святцах такое имя встречается редко, но могло бытовать в среде духовенства или старообрядцев. Однако тогда фамилия звучала бы как Гермонов, а не Гермонин. Поэтому версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где активны суффиксы -ин и -их/-ых. В дореволюционных переписях Гермонины фиксировались в Вологодской и Костромской губерниях — регионах, где диалектная лексика богата подобными корнями. Сословно это, скорее всего, крестьянская или мещанская фамилия: прозвищные фамилии редко встречались у дворян.

Таким образом, Гермонин — это «сын Гермони», где Гермоня — человек с громким, сварливым нравом. Фамилия сохранила живую народную речь, почти не затронутую книжными влияниями.