Фамилия Гермоний — редкий случай, когда в русском звучании сохранилось латинизированное окончание, характерное для учёных и духовных лиц XVII–XVIII веков. Скорее всего, это славянская версия немецкой фамилии Гермони или Гермониус. Конечное «-ий» в русском быту закрепилось при адаптации: так немецкое окончание -ius превращалось в привычную форму фамилии, как, например, у Клаузевица или Вирениуса.

Основа фамилии восходит к древнегерманскому имени Гермон (Hermon). Его разбирают на два корня: heri — «оружие» и mund — «защита». Получается «защита оружия» или «защищающий оружием» — типичное для германской антропонимики сложение двух воинственных понятий. Есть и версия, что Гермон — вариант имени Герман, которое происходит от латинского germanus («родной», «единоутробный»), а в переносном смысле означало «германец», «воин», «дружинник». Имя Герман известно по церковной истории: его носил патриарх Константинопольский, живший в VIII веке и признанный святым на 7-м Вселенском соборе в 788 году.

Спор между двумя этимологиями решается просто: прямое указание на оружие и защиту в имени Гермон выглядит конкретнее, чем отсылка к общему значению «родной» через Германа. Но обе версии не противоречат друг другу — обе указывают на немецкое происхождение.

Подтверждение этому находим в архивных записях. Из материалов ИЦ ГУВД Тюменской области известны носители фамилии: Гермоний Генрих Георгиевич, родившийся в 1903 году в деревне Кауцк Франского района бывшей АССР Немцев Поволжья, и Гермоний Екатерина Давыдовна, рождённая там же в 1900 году. Фамилия чётко привязана к поволжским немцам — это объясняет и немецкую основу, и латинизированную форму, и редкость в остальной России.

Так что Гермоний — не случайная фамилия, а след переселения немецких колонистов в Поволжье в XVIII–XIX веках, где их имена и фамилии обрели местное звучание.