Фамилия Гейнер, скорее всего, немецкого происхождения, но её значение неочевидно, и у исследователей есть как минимум две версии.

Первая версия ведёт к древневерхненемецкому слову Hein — «смерть». Звучит мрачно, но в этом могла быть особая логика. В старину у многих народов, в том числе и у немцев, существовала традиция давать ребёнку «охранительное» имя или прозвище. Родители, опасаясь сглаза или злых духов, нарекали сына именем, связанным с неприятными понятиями, — считалось, что это отпугнёт нечистую силу и убережёт дитя. Так имя Гейн могло стать оберегом.

Вторая, более распространённая версия, связывает основу фамилии с народной, сокращённой формой имени Генрих (Heinrich). Полное имя образовано от двух древнегерманских корней: heim (дом, жилище) и rīc (сила, власть, правитель). Таким образом, Генрих — «могущественный домовладыка» или «хозяин дома». Гейн — естественное и привычное сокращение, как, например, Фриц от Фридрих или Ганс от Иоганнес.

Фамилия Гейнер (Heiner) строится по типичной немецкой модели: к основе (Гейн) добавляется суффикс -er, который часто указывает на принадлежность или характерное свойство. Так что Гейнер — это буквально «сын Гейна» или «человек по имени Гейн». В немецкой ономастике фамилии, образованные от личных имён с помощью суффикса -er, очень распространены.

Таким образом, предок носителя фамилии Гейнер, скорее всего, был назван в честь своего отца или деда, которого звали Гейн — либо как охранительное прозвище, либо как сокращение от имени Генрих. Вторая версия выглядит правдоподобнее: она опирается на массовую практику образования фамилий в немецкоязычных землях, где личное имя Генрих было одним из самых популярных на протяжении столетий.