Фамилия Гибадюкова — редкий пример, где нестандартный суффикс -юк- почти полностью заслоняет собой корень. Если отбросить окончание -а (женский род) и суффикс принадлежности -ов-, остаётся основа Гибадюк. А в ней — тот самый суффикс -юк, характерный для западных и юго-западных русских земель, а также для украинской и белорусской ономастики. Обычно он указывал на «малого» или «сына»: Дмитрюк — сын Дмитрия, Иванюк — сын Ивана. Но здесь основа не каноническое имя, а прозвище или мирское имя Гибад.

Корень гиб- в русских говорах связан с глаголом «гибать» — гнуть, сгибать. Прозвище Гибад могли дать человеку сутулому, сгорбленному либо, напротив, тому, кто гнул своё — упрямцу. В некоторых диалектах «гибад» звучало как вариант слова «гибель» или «гиблый» (пропащий, бедовый), но это менее вероятно для прозвища: такие характеристики редко становились основой фамилии без ироничного подтекста. Более правдоподобна версия, что Гибад — это усечённая форма от более длинного имени, например, Гибадей или Гибадим, где корень мог быть заимствован из тюркских языков (ср. «гиба» — бок, сторона, или «гибат» — гордость). В пользу этого говорит и географическая привязка: фамилия почти не встречается в центральной России, зато единичные носители зафиксированы в Поволжье и на Урале — зонах активного контакта с тюркскими народами.

Суффикс -юк- в сочетании с русским патронимическим -ов- даёт смешанную модель: сначала фамилию образовали по южнорусскому или украинскому образцу (Гибадюк), а затем русифицировали, добавив окончание -ов. Это могло произойти при переезде семьи в регионы, где господствовала великорусская фамильная система, или при записи в ревизские сказки. Таким образом, носительница фамилии Гибадюкова — потомок человека, которого в XVI–XVII веках звали либо Гибад (сгорбленный или упрямый), либо Гибадюк (сын Гибада). Точных сведений о сословной принадлежности нет, но сам факт, что фамилия не попала в дворянские родословные книги, указывает на крестьянское или мещанское происхождение.