Фамилия Гибайдулин — яркий пример того, как мусульманское имя, пройдя через русскую канцелярию XIX века, превратилось в привычную для уха фамилию. В основе лежит арабское составное имя Гибайдулла (Гибадулла), что в переводе означает «раб Аллаха». Полная форма этого имени — Убайдулла, но в тюркской среде оно подверглось стяжению и упрощению: первый слог «у» отпал, а «б» перешло в «п» или «б» в зависимости от диалекта, и получилось Гибайдулла. В русских метрических книгах и ревизских сказках это имя записывали на слух, поэтому закрепился вариант «Гибайдул(л)а» с одной или двумя «л».

Словообразовательная модель типична для восточных фамилий, обрусевших в Поволжье и Приуралье. Суффикс -ин присоединили к основе «Гибайдул(л)а» по аналогии с русскими фамилиями от имен на -а: «чей?» — Гибайдуллин. Однако в бытовой речи и документах двойное «л» часто редуцировалось, и фамилия превратилась в Гибайдулин. Это не ошибка, а естественное фонетическое упрощение, характерное для татарских и башкирских фамилий, которые записывали русские чиновники. Двойное написание (с одной и двумя «л») встречается и сегодня, но вариант с одной «л» стал более распространённым.

Географически фамилия плотнее всего привязана к территориям расселения волго-уральских татар и башкир: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская и Челябинская области. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, получившими фамилию при переписях конца XIX — начала XX века. В отличие от дворянских родов, у татарских крестьян фамилии часто фиксировались не по роду занятий, а по имени отца: если отца звали Гибайдулла, то его дети автоматически становились Гибайдуллиными (или Гибайдулиными). Никакого прозвища или ремесла за этим не стояло — только имя, которое родители дали сыну в знак религиозной преданности.

Стоит отметить, что в редких случаях фамилия могла возникнуть и от другой арабской основы — «Гибад» (поклонение), но версия с именем Гибайдулла считается основной и подтверждается массовостью фамилии именно в мусульманских регионах России. Встречается она и у казахов, но в форме «Ғибайдуллин» или «Ғибадуллин», что указывает на общий корень.