Фамилия Габайдулина представляет собой вариант фамилии Губайдуллина, которая образована от арабского мужского имении Губайдулла. Это имя переводится как «раб Аллаха». Из людей, носящих однокоренные фамилии, наиболее известна София Губайдуллина, современный российский композитор-экспериментатор. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Габайдулиных можно лишь на основании генеалогических исследований.