Фамилия Габайдулова — женская форма от Габайдулов, а та, в свою очередь, восходит к арабскому имени Габайдулла (в русской транскрипции чаще встречается как Убайдулла или Абдулла). Основа здесь — арабское «абд» (раб) и «Аллах» (Бог). Полный смысл имени — «раб Аллаха», «слуга Божий». Это типичное теофорное имя, которое давали с надеждой на божественное покровительство. Фамилии на -ов/-ев от таких имён — самая распространённая модель у тюркских народов, исповедующих ислам, особенно у татар и башкир.

Интересна здесь буква «г» в начале. В татарском и башкирском языках арабское «айн» (гортанный звук) при заимствовании часто передавался через твёрдый «г» или «х». Поэтому имя Габайдулла — это один из региональных фонетических вариантов того же Абдуллы. Встречаются и формы Габайдуллин (с суффиксом -ин, что тоже по-тюркски значит «сын такого-то»), но Габайдулов — более русифицированный вариант, где к основе приставили стандартную русскую фамильную приставку -ов.

Носители фамилии сосредоточены в Поволжье и на Урале — в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Это зона расселения волго-уральских татар, где исламские имена в фамилиях — обычное дело. Встречается фамилия и среди казахов, но там чаще пишется как Габайдуллаев или Габайдуллин.

В дореволюционной России фамилия Габайдулов не указывала на дворянство или духовное сословие. Её носили крестьяне и мещане из татарских и башкирских деревень. Фамилия закрепилась в XIX веке, когда начался массовый учёт населения и крестьянам давали фамилии по имени отца. Если отца звали Габайдулла, то сын становился Габайдуловым, а дочь — Габайдуловой.

В современном русском языке у фамилии есть одна особенность: ударение обычно падает на последний слог — Габайдулова́, хотя в татарском оригинале ударение может смещаться на второй слог. В документах и бытовом общении это часто вызывает путаницу, но оба варианта допустимы.