Фамилия Габайдуллин образована от арабского мужского имени Губайдулла, которое в произношении закрепилось как Габайдулла. В основе лежит тюркская адаптация арабского словосочетания, переводимого на русский как «раб Аллаха». Имя Губайдулла — один из многих эпитетов, подчеркивающих преданность Богу, и родители, давая его сыну, желали ему стать достойным мусульманином.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Габайдулл- добавлен русский патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность роду. То есть Габайдуллин — это «потомок Габайдуллы». Такая модель типична для русских фамилий нерусского происхождения: суффикс -ин присоединялся к основам на -а, -я, что и произошло с именем Габайдулла.

Наиболее известный носитель фамилии — Геннадий Габайдуллович Габайдуллин, Герой Советского Союза. В августе 1941 года он добровольно ушел на фронт, а в феврале 1942 года командир пулеметного отделения 24-го отдельного гвардейского минометного дивизиона проявил мужество и отвагу в бою с немецкими войсками на Калининском фронте. За тот бой ему и присвоили высшее звание.

Фамилия распространена в среде татар и башкир, что неудивительно: именно эти народы активно заимствовали арабские имена через исламскую традицию, а затем оформляли их по русской модели фамилий. Встречается и вариант написания Габайдулин — с одной буквой «л», что связано с упрощением произношения в некоторых говорах или при записи в документах. Оба варианта восходят к одному корню и означают одно и то же.