Фамилия Габайдуллина (и её мужской вариант Габайдуллин) восходит к арабскому мужскому имени Губайдулла, которое в тюркской среде приобрело форму Габайдулла. Переводится это имя как «раб Аллаха». Родители, давая такое имя сыну, желали ему стать достойным, благочестивым мусульманином, посвятившим себя служению Богу.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: к основе Габайдулл- добавлен русский патронимический суффикс -ин, который указывает на принадлежность к роду. Таким образом, Габайдуллин — это буквально «потомок Габайдуллы». Фамилия широко распространена среди татар и башкир, где имена с компонентом «абд» (раб) и одним из эпитетов Аллаха традиционно популярны. Мужская форма фамилии — Габайдуллин, женская — Габайдуллина.

Среди известных носителей фамилии — Геннадий Габайдуллович Габайдуллин, Герой Советского Союза. В августе 1941 года он добровольцем ушёл на фронт. Звание Героя командир пулемётного отделения 24-го отдельного гвардейского миномётного дивизиона получил за мужество и отвагу, проявленные в бою с немецкими захватчиками на Калининском фронте в феврале 1942 года. Этот пример показывает, что носители фамилии встречаются не только в Поволжье и Приуралье, но и далеко за их пределами.

Процесс оформления фамилий у тюркских народов был длительным и неоднородным. Окончательно утвердиться в письменных источниках фамилия Габайдуллин могла в разных регионах в разное время — от конца XIX века до первых советских переписей. Поэтому точно сказать, где именно впервые закрепилась эта фамилия, можно только на основании углублённых генеалогических изысканий.