Фамилия Гинятуллин образована от арабского составного имени Гинятулла. В ней соединились две основы: «Гинаят» (проявление милосердия, оказание помощи) и «Улла» (от арабского «Аллах» — бог). Вместе имя означает «милосердие Аллаха» или «помощь Бога». Такие теофорные имена, включающие компонент со значением «божественный дар», типичны для мусульманской традиции Поволжья и Средней Азии.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ин, который в данном случае указывает на принадлежность: «сын Гинятуллы». Эта модель закрепилась в среде татар и башкир после вхождения региона в состав Российского государства, когда для документальной фиксации потребовались фамилии по русскому образцу. Встречается написание с одной «н» — Гинятулин, но вариант с удвоенной согласной (Гинятуллин) точнее передаёт арабскую графику оригинального имени.

Географически фамилия сосредоточена в Татарстане, Башкортостане и среди татарских общин других регионов России. Говорить о точном времени её возникновения сложно: процесс перехода от отчества к наследственной фамилии у разных родов мог растянуться на несколько поколений, и окончательные выводы требуют обращения к конкретным метрическим книгам и ревизским сказкам.