Фамилия Гирджин — редкий случай, когда географическое происхождение прослеживается почти наверняка, а вот с корнем придётся разбираться по деталям. В русской ономастике фамилии на -ин образуются от основ на -а/-я (сравните: Гирджа → Гирджин, как Пушка → Пушкин). Это указывает на то, что в основе лежит прозвище или имя, оканчивавшееся на -а.

Самый прямой след ведёт в тюркские языки. Слово «гырджа» (или «гырджы») в ряде тюркских наречий означало «скряга», «скупой» или, в более мягком варианте, «расчётливый человек». В таком случае прозвище Гирджа мог получить либо прижимистый хозяин, либо, наоборот, человек, умеющий торговаться и беречь добро. Фамилия образована по русской модели — добавлением суффикса принадлежности, — что типично для русифицированных тюркских прозвищ.

Есть и второй вариант, менее распространённый, но не менее интересный. В некоторых диалектах крымскотатарского и турецкого языков «гырджин» — это название небольшой хищной птицы (род ястреба или перепелятника). Тогда прозвище Гирджа могло достаться охотнику с такой птицей или человеку с соответствующим характером — быстрому, цепкому, зоркому. Этот вариант подкрепляется тем, что фамилия встречается в Крыму и на юге Украины, где тюркские названия птиц нередко становились прозвищами.

Наиболее правдоподобной выглядит версия с русифицированным тюркским прозвищем: человек по прозвищу Гирджа (от «гырджа» — скупой или от названия птицы) стал Гирджиным, то есть «сыном Гирджи» или «человеком из рода Гирджи». Фамилия не дворянская и не крестьянская в классическом понимании — она скорее мещанская или казацкая, с южным, причерноморским следом. В дореволюционных списках она почти не попадается, что говорит о её локальном бытовании в среде смешанного тюрко-славянского населения.