Фамилии Глухарев и Глухарёв — варианты одного родового имени, различающиеся ударением и написанием, но восходящие к общей основе — мирскому имени Глухарь. Это имя давали ребёнку по названию крупной лесной птицы. В древнерусской традиции такие «птичьи» имена были частью охранительной магии: считалось, что, называя младенца Глухарём, родители символически вверяли его природе, чтобы та приняла ребёнка как своего и наделила качествами этой птицы — выносливостью, осторожностью, умением выживать в глухом лесу.

Однако у слова «глухарь» в русских говорах было и другое значение — «глухой человек». Прозвище Глухарь мог получить и тот, кто плохо слышал. Менее вероятные, но тоже возможные версии связывают основу фамилии с диалектными названиями: большой бубенчик (в отличие от открытого колокольчика), белый гриб из глухого бора, глухой болт (ерш, вколачиваемый наглухо), а также с участником свадебного обряда, который вёз «глухой воз» — приданое. Встречается и переносное значение — «невежественный, некультурный человек». Но из всех гипотез именно «птичья» и «глухой человек» — самые распространённые и правдоподобные для прозвища, лёгшего в основу фамилии.

Первое документальное свидетельство о фамилии относится к началу XVII века. В «Ономастиконе» академика С. Б. Веселовского записан Глухарев Друган Данилов, посадский человек, 1614 год, Тверь. Это показывает, что уже тогда фамилия бытовала в среде посадского населения — ремесленников и торговцев, а не только в крестьянской среде. Форма Глухарёв возникла позже, как результат смещения ударения в разговорной речи, и закрепилась в письменных источниках.

Суффикс -ев (или -ёв) указывает на стандартную модель образования русских фамилий: от прозвища или имени, оканчивающегося на мягкий согласный или шипящий (Глухарь → Глухарев). Такая модель была особенно продуктивна в XVI–XVII веках и охватила все сословия.

Сегодня обе формы — Глухарев и Глухарёв — встречаются повсеместно, но с разной частотой. Вариант с буквой «ё» чаще фиксируется в центральных и южных регионах России, где ударение в бытовой речи падает на последний слог. В официальных документах XIX — начала XX века написание часто зависело от грамотности писаря: букву «ё» могли заменять на «е», поэтому обе записи считаются исторически равноправными.