Фамилия Глухаркин образована от прозвища Глухарка. Чаще всего в его основе лежит прилагательное «глухой» — так называли плохо слышащего человека. Однако есть и вторая, не менее вероятная версия: прозвище могли дать по птице — глухарю, «глухому тетереву». В таком случае Глухаркой называли охотника, который промышлял этих птиц, или человека, чем-то напоминавшего глухаря (например, глуховатого или нелюдимого).

Модель образования фамилии типична для русского севера и северо-востока: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Глухаркин, то есть сын или потомок Глухарки). В южных и западных регионах чаще встречается вариант Глухарков с тем же корнем, но с иным суффиксом. Обе формы восходят к одному прозвищу, но закрепились в разных диалектных зонах.

Обратим внимание на редкую черту: в основе фамилии — не «глухарь», а именно «глухарка». Такая форма в говорах могла означать и самку глухаря, и человека с особенностью слуха, а иногда — ироничное прозвище того, кто любит прикидываться глухим. Словообразовательный разбор показывает, что прозвище было образовано с уменьшительно-ласкательным или уничижительным оттенком (суффикс -к-), что нередко встречалось в крестьянской среде.

Прозвище Глухарка со временем закрепилось как основное именование человека, а его потомки стали Глухаркиными. Фамилия не относится к числу распространённых и имеет чёткую региональную привязку — её носители чаще всего встречаются в документах по Архангельской, Вологодской и Кировской областям, где промысел боровой дичи был традиционным занятием.