Фамилия Глушонков образована от прозвища Глушонок. В русских говорах «глушонок» — это птенец глухаря, а в переносном смысле так могли называть глуховатого человека или того, кто прикидывается глухим. Основа здесь та же, что и в слове «глухой», но суффикс -онок указывает на уменьшительность или принадлежность к чему-то: буквально «детёныш глухаря» или «тот, кто похож на глухаря». Фамилии с таким суффиксом встречаются реже, чем с -ов или -ин, и обычно указывают на прозвище, данное по характерной черте или поведению.

Вероятнее всего, прозвище Глушонок дали человеку с плохим слухом. В русской деревне прозвища часто закреплялись за людьми с физическими особенностями, и фамилия не несла оскорбительного оттенка — она просто фиксировала отличительный признак. Менее распространённая версия связывает фамилию с глухарём как птицей: охотника, который специализировался на глухариной охоте, могли прозвать Глушонком. Но эта гипотеза слабее, так как прозвища от названий птиц обычно образовывались без уменьшительного суффикса (Глухарь, Глухарев, а не Глушонок).

Суффикс -ов в конце фамилии — стандартный русский патронимический формант, означающий «чей?»: Глушонков — сын Глушонка. Такая модель типична для центральных и северных регионов России. Фамилия не относится к дворянским или старинным княжеским родам — она крестьянская или мещанская, возникла не раньше XVII–XVIII веков, когда прозвища начали массово переходить в наследственные фамилии.

В дореволюционных документах фамилия могла писаться по-разному: Глушонков, Глушонковъ, изредка Глушенков — с буквой е вместо о, что отражает акающее произношение. В современных базах данных Глушонковы встречаются в основном в центральной России и Поволжье, но массовой географической привязки нет. Фамилия редкая, её носители — потомки одного или нескольких родов, разошедшихся по разным губерниям.