Фамилия Глухоньков образована от прозвища или нецерковного имени Глухонько. Основа здесь — прилагательное «глухонький», то есть глухой, лишённый слуха. Уменьшительно-ласкательный суффикс -оньк- в прозвище указывает на то, что речь шла не о полной глухоте, а о некоторой глуховатости, тугоухости. Такие «смягчённые» прозвища в русской традиции давали не в обиду, а как бытовую примету человека: «глухонько» — тот, кто слышит плохо, но не глух полностью.

Модель образования фамилии — самая распространённая для русских фамилий: притяжательный суффикс -ов, означающий «чей?» — «сын Глухонька». То есть Глухоньков — потомок человека по прозвищу Глухонько. Интересно, что в отличие от фамилий вроде Глухов или Глушков, где основа более грубая, форма с суффиксом -оньк- звучит мягче и могла принадлежать человеку не злому, а скорее рассеянному или невнимательному из-за слабого слуха.

В исторических документах фамилия встречается редко, что указывает на её локальный характер — скорее всего, она возникла в одном из центральных или северных регионов России, где были распространены прозвища на -оньк-. В некоторых говорах «глухонькой» могло означать не только глуховатого, но и человека, который притворяется глухим, не слышит, когда не хочет слышать. Такое прозвище давали упрямому или себе на уме крестьянину.

Однокоренные фамилии — Глухов, Глушков, Глухоедов — указывают на ту же особенность, но Глухоньков выделяется именно уменьшительным оттенком. Скорее всего, предки носителя этой фамилии были крестьянами или ремесленниками, а сама фамилия закрепилась в одной-двух деревнях, откуда и пошла по миру.