Фамилия Глухонина образована от прозвища Глухоня. В его основе — прилагательное «глухой», то есть «плохо слышащий». Скорее всего, так в старину называли человека с ослабленным слухом. Прозвище было точным и потому закрепилось: в среде, где большинство имён были «говорящими», оно сразу указывало на главную особенность человека.

Есть и вторая версия, менее очевидная. Украинское слово «глухань» означает глухого тетерева — птицу, которая во время токования теряет бдительность и не слышит охотника. Поэтому Глухоней могли прозвать не глухого человека, а удачливого охотника на тетеревов. Эта версия правдоподобна, но уступает первой: прозвища по физическим недостаткам встречались чаще, чем по охотничьим трофеям.

Словообразовательная модель фамилии проста: суффикс -ин указывает на принадлежность. Глухонин — буквально «сын Глухони», то есть потомок человека с прозвищем Глухоня. Такие фамилии на -ин типичны для северных и центральных областей России, где притяжательная форма на -ин вытесняла общераспространённое -ов.

Сама фамилия редкая. В списках известных носителей она не значится, но это не умаляет её ценности как документа семейной истории. Передаваясь из поколения в поколение, она сохраняет память о происхождении человека — пусть и через прозвище, которое когда-то дали предку.