Фамилия Глухонин образована от прозвища Глухоня, которое восходит к слову «глухой», то есть «плохо слышащий». Очевидно, прозвище Глухоня принадлежало глухому или слабослышащему человеку. Также прозвище Глухоня может происходить от украинского слова «глухань» со значением «глухой тетерев». Таким образом, Глухоней могли прозвать охотника на тетеревов. Так и прозвище Глухоня закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Глухонин. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Глухоня, со временем получил фамилию Глухонин.