Фамилия Глухонец — редкий случай, когда прозвище застыло в форме, почти не изменившейся за столетия. В ней нет привычного суффикса принадлежности (-ов, -ин), который превращает «Глухого» в «Глухова». Вместо этого мы видим суффикс -ец, типичный для белорусской и западнорусской ономастики. Он указывает на человека, обладающего названным признаком: глухонец — буквально «тот, кто глухонемой» или «глухой». В диалектах слово «глухонец» могло означать не только физический недостаток, но и человека нелюдимого, замкнутого, «глухого» к чужим словам.

Скорее всего, фамилия возникла на землях современной Беларуси или в юго-западных областях России (Смоленщина, Брянщина), где модель «прозвище + -ец» была особенно распространена. В отличие от фамилий на -ов, которые часто давали по отцу, Глухонец могло быть прямым прозвищем, закреплённым за первым носителем. Никакого социального статуса или сословной принадлежности эта форма не вскрывает: прозвище мог получить и крестьянин, и мещанин, и казак.

Интересно, что фамилия не перешла в более привычную форму «Глухонцев» (с дополнительным суффиксом -ов), хотя такой вариант тоже встречается. Сохранение исходного Глухонец говорит о том, что фамилия закрепилась в письменных источниках достаточно поздно, когда церковные и гражданские записи уже не переделывали прозвища на «дворянский» лад. Это же объясняет её редкость: в переписях XIX века носителей было немного, и фамилия не успела широко разойтись.

Других версий происхождения — от топонима или от имени Глухон (гипотетического) — ономастика не предлагает. Корень прозрачен, а суффикс однозначно указывает на личное качество. Так что предки носителя фамилии Глухонец с высокой вероятностью получили её от односельчан, которые так и говорили: «вон Глухонец пошёл», имея в виду конкретного человека с особенностью слуха или речи.