Фамилия Глухоев — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, не угадывается с ходу. Обычно фамилии на -оев образуются от тюркских основ, но здесь корень «глух-» — чисто русский, славянский. Получается гибрид: русское прозвище, оформленное по модели, характерной для фамилий тюркского происхождения (сравните: Баташев, Урусов, Карамзин — там -ев/-ин от тюркских имён). Такое сочетание встречается нечасто и чаще всего указывает на регионы, где русские и тюркские народы жили вперемешку: Нижнее Поволжье, Приуралье, юг Сибири.

Основа фамилии — прозвище Глухой. В русской традиции так могли назвать человека с ослабленным слухом. Но в ономастике это слово имело и переносные значения: «глухой» — неотзывчивый, угрюмый, скрытный, а также «глухой» в смысле «заросший, непроходимый» (о лесе, овраге). Прозвище могло закрепиться за жителем глухой, удалённой местности. Суффикс -оев вместо привычного -ов или -ев — явный признак того, что фамилия бытовала в среде, где действовали иные фонетические законы, скорее всего, под влиянием тюркских языков, где конечный -ов часто переходил в -оев или -уев.

Скорее всего, Глухоевы — не потомки древнего боярского рода, а выходцы из служилых людей, казачества или крестьянства, живших на юго-восточных окраинах России. Фамилия могла возникнуть в XVI–XVII веках, когда на Волгу и Урал переселялись русские, и приказные люди записывали прозвища на слух, адаптируя их под местную манеру произношения. Встретить Глухоевых можно в Оренбургской, Самарской областях, в Башкортостане — там, где оседали казаки и яицкие переселенцы.

Интересно, что фамилия не имеет варианта Глухов: это не описка и не ошибка переписи, а самостоятельная модель. Если Глуховы распространены повсеместно, то Глухоевы — локальное, «штучное» образование, сохранившее память о том, как в определённом говоре или диалекте оформляли отчества.