Фамилия Глуханькова образована от прозвища или нецерковного имени Глухань. В русской ономастике суффикс -ань- (-аньк-) указывает на лицо, обладающее ярко выраженным признаком. В данном случае корень «глух-» отсылает к глухоте — физической (плохо слышащий человек) либо переносной (глухой к чужим советам, упрямый, невнимательный). Форма Глухань — уменьшительно-ласкательная или пренебрежительная, как, например, Глуханя или Глушань. Такие прозвища в XV–XVII веках не считались обидными: на Руси их давали по заметной особенности внешности или характера, и они легко закреплялись в качестве фамилий.

Словообразовательная модель проста: к основе Глухань добавили патронимический суффикс -к(а), а затем стандартный суффикс принадлежности -ов. Получилась форма Глуханьков, которая в женском роде звучит как Глуханькова. Фамилия относится к типичным русским «прозвищным» фамилиям, где суффикс -ов указывает на прямую родственную связь: «сын Глуханя». Аналогично строились фамилии Глушков, Глушаков, Глущенко — все они восходят к тому же корню, но с разными суффиксами.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным областям России. По данным современных телефонных справочников и баз ЗАГС, носители фамилии чаще встречаются в Вологодской, Костромской и Кировской областях. Это косвенно подтверждает, что прозвище могло возникнуть в среде крестьянского или посадского населения, где подобные «говорящие» имена были особенно распространены. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована — скорее всего, предки Глуханьковых относились к податным сословиям.

Есть и вторая, менее вероятная версия: фамилия могла произойти от топонима Глухань или Глуханька — название деревни или речки. Однако в доступных списках географических названий России такие пункты не встречаются, а в ономастической литературе (например, в работах Б. Унбегауна) подобные случаи для фамилий на -ов обычно связывают с личным прозвищем, а не с местом. Поэтому версия с прозвищем остаётся основной.