Фамилия Глуханов — твёрдая, мужская, образована по самой распространённой в России модели. Суффикс -ов указывает на принадлежность: Глуханов — сын Глухана. Всё упирается в основу, а она неоднозначна.

Самая прямая версия — прозвище Глухан от слова «глухой». Но в русских говорах оттенки были разными. Глуханом могли назвать не только человека с проблемами слуха, но и того, кто притворялся глухим, не слышал просьб, был невнимательным или рассеянным. В северных и сибирских диалектах «глуха́нь» — это глухарь, крупная лесная птица. Прозвище могли дать охотнику, добывшему глухаря, или человеку с грузной, немного неуклюжей походкой, напоминающей токующего глухаря.

Вторая версия — от канонического имени Глухан как народной формы крестильного имени Глеб. В старину имена переиначивали: Глеб превращался в Глуба, Глухан, Глушко. Полного тождества здесь нет, но ономасты (в частности, Б. Унбегаун) фиксируют такие фонетические переходы в древненовгородских говорах. Это редкий, но возможный путь.

Фамилия Глуханов встречается по всей России, но с заметным сгущением на Русском Севере, в Вологодской и Архангельской областях, а также в Сибири. Это косвенно подтверждает связь с диалектным «глухань» — глухарь. Именно в таёжных районах прозвище, данное по птице, было естественным и понятным.

Родственные фамилии — Глухов, Глушков, Глухарев, Глушаков. У Глуханова характерный суффикс: он не просто «глухой», а именно «Глуханов», то есть потомок человека с прозвищем Глухан. Социальный статус предка, скорее всего, крестьянский или охотничий: фамилия не дворянская, не духовная, а бытовая, возникшая в сельской среде.