Фамилия Глуханова — женская форма фамилии Глуханов, и её происхождение напрямую связано с прозвищем Глухан. В русской ономастике суффикс -ов указывает на принадлежность: Глуханов буквально означает «сын Глухана» или «из рода Глухана».

Корень «глух-» отсылает к слову «глухой», но прозвище Глухан в старину имело не столько медицинский смысл, сколько образный. Глухим на Руси называли не только человека с ослабленным слухом, но и того, кто не слышит чужих советов, упрямого, замкнутого или живущего в глуши, в отдалённом месте. Второе значение — «глухарь», крупная лесная птица. Прозвище Глухан могли дать охотнику, леснику или человеку с глуховатым голосом.

Модель образования через суффикс -ан характерна для северных и сибирских говоров. В отличие от более типичного «Глухов», форма Глухан встречается реже и чаще фиксируется в документах XVII–XVIII веков среди крестьян и посадских людей Русского Севера — в Вологодской, Архангельской и Пермской губерниях. Словарь Б. Унбегауна относит такие фамилии к «патронимическим прозвищам», где основа не от канонического имени, а от бытового, уличного прозвания.

Двойная «н» в написании (Глуханова) не несёт дополнительного смысла — это орфографическая норма, закрепившаяся в паспортных записях. Встречается и вариант Глуханова с одной «н», но он менее распространён. Таким образом, предки современных носительниц фамилии с большой вероятностью жили в северных регионах России и получили фамилию по прозвищу, характеризующему либо черту характера, либо род занятий.