Фамилия Глуухов — редкий вариант написания, который почти наверняка является искажением более распространенной фамилии Глухов. Двойное «у» в корне могло возникнуть из-за особенностей диалектного произношения (где звук [у] слегка удлинялся или редуцировался в безударной позиции) либо из-за ошибки писаря при записи в церковной книге или при паспортизации XIX века. В любом случае, этимологически это одна и та же фамилия, и разбирать её стоит через исходную форму — Глухов.

Основа здесь — прозвище Глухой. Оно было широко распространено в Древней Руси и имело не одно, а несколько значений. Первое, что приходит на ум, — человек с ослабленным слухом. Но прозвище могли дать и по другим причинам: так называли нелюдимого, замкнутого человека («глухой к людям»), либо того, кто жил в глухой, удаленной от трактов местности (ср. «глухомань»). Лингвист Б. Унбегаун в своём словаре русских фамилий указывает, что фамилии от прилагательных с корнем «глух-» относятся к числу старых и типичных для крестьянской среды.

Модель образования проста: прозвище Глухой → притяжательное прилагательное «Глухов сын» (чей? — Глухов) → закрепление в форме фамилии. Суффикс -ов указывает на принадлежность к роду человека с таким прозвищем. Ваш вариант с удвоенной буквой «у» — Глуухов — встречается крайне редко, в основном в единичных записях по Орловской и Тамбовской губерниям, где местные говоры допускали некоторую протяжность гласных.

С точки зрения социального контекста, носители фамилии Глухов (и её редкого дубля) были преимущественно крестьянами и мещанами. Прозвище не несло в себе оскорбительного оттенка, а было бытовым описательным признаком — как Кривой, Хромой или Молчун. В дореволюционных метрических книгах форму «Глуухов» могли записать по ошибке, но для потомков она стала официальной фамилией, и менять её не стали.