Скорее всего, фамилия Гнатковская восходит к крестильному мужскому имени Игнатий, которое в переводе с латинского означает «неведомый, огненный». Вероятно, основатель рода Гнатковских был человеком из простого сословия. Согласно другой, менее правдоподобной версии, в основе этой фамилии лежит украинское слово «гнати» - «принуждать быстро бежать, идти, ехать». Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Гнатковских был лихим ямщиком или извозчиком.