Фамилия Гнаткова — женская форма фамилии Гнатков, а та, в свою очередь, образована от имени или прозвища Гнат. Это сокращённая, разговорная форма канонического имени Игнатий (в просторечии Игнат). Механизм здесь простой: от полного Игнат отсекли начальную гласную «И», получив Гнат. Такое усечение было распространено в южнорусских и украинских говорах, где цокали и акали по-своему, а имена нередко «обрубали» для быстроты произношения.

В основе фамилии — суффикс -ов, указывающий на принадлежность: Гнатков буквально значит «сын Гната» или «из семьи Гната». Это типичная патронимическая модель, которая в России и на Украине массово закрепилась в качестве фамилий в XVII–XIX веках, когда крестьянам и мещанам начали присваивать постоянные родовые прозвания.

Имя Игнатий (от латинского ignis — «огонь») означало «огненный», но в народной среде его связывали скорее с конкретным человеком, а не с огнём. Носитель прозвища Гнат мог быть просто Игнатом, которого в быту звали сокращённо. Фамилия Гнаткова встречается преимущественно в областях, граничащих с Украиной: в Курской, Белгородской, Воронежской, а также в Ростовской области. В XIX веке она фиксируется в переписях Харьковской и Екатеринославской губерний.

Интересная деталь: в отличие от фамилии Игнатов, которая распространена повсеместно, вариант Гнатков имеет чёткую региональную привязку к южнорусскому и украинскому ареалу. Если предки носительницы фамилии были выходцами из этих мест, то прозвище Гнат, скорее всего, передавалось именно в устной, «домашней» форме, а не через официальные документы. Других версий происхождения — от редких географических названий или профессий — для этой фамилии нет, и притягивать их искусственно не стоит.