Фамилия Гнатовская образована от имени Гнат — народной, сокращённой формы канонического мужского имени Игнатий. Имя Игнатий латинского происхождения и означает «огненный». У этого имени есть известные небесные покровители: Игнатий, патриарх Константинопольский, и священномученик Игнатий Богоносец, ученик апостола Иоанна Богослова, считающийся первым крупным христианским писателем нееврейского происхождения.

Сама фамилия Гнатовская построена по модели, характерной для восточнославянских фамилий, особенно польского и украинского ареалов: основа Гнат + типичный суффикс -овск-, который изначально указывал на принадлежность к роду или на происхождение из определённой местности. В буквальном прочтении фамилию можно понять как «сын Гната». Однако, в отличие от фамилий на -ов/-ев, форма на -овский нередко свидетельствует о дворянском или шляхетском происхождении рода, особенно в западных регионах бывшей Речи Посполитой. В то же время, имя Гнат было широко распространено среди простых сословий, поэтому основатель рода Гнатовских мог быть как крестьянином, так и мещанином или мелким служилым человеком.

Процесс формирования фамилий на -овский был долгим, и точное место и время возникновения рода Гнатовских можно установить только после глубоких генеалогических изысканий. Скорее всего, фамилия закрепилась на землях современной Украины или Беларуси, где форма Гнат особенно популярна.