Фамилия Гнатышина происходит от имени Гнатыша — народной, разговорной формы канонического мужского имени Игнатий. Имя Игнатий имеет латинские корни и переводится как «огненный». В церковной традиции известны два особо почитаемых покровителя этого имени: Игнатий, патриарх Константинопольский, и священномученик Игнатий Богоносец. Последний, ученик апостола Иоанна Богослова, прославился как первый крупный христианский писатель нееврейского происхождения.

Словообразовательная модель фамилии указывает на её принадлежность к типично русскому типу на -ин. Суффикс -ин присоединялся к основам, оканчивающимся на -а или -я, и означал принадлежность: «чей?» — «сын Гнатыши». Такая модель была широко распространена в северных и центральных регионах России, а также в среде крестьянства и мещанства. Скорее всего, основатель рода Гнатышиных был человеком из простого сословия, чьё имя Гнатыша в бытовом общении вытеснило полную церковную форму. Со временем потомки человека по имени Гнатыша закрепили за собой фамилию Гнатышина.

Интересно, что фамилия Гнатышина встречается заметно реже, чем её «полный» аналог — Игнатьев. Это говорит о том, что в основе лежала именно местная, диалектная форма имени, характерная для определённых говоров. Такое написание с начальным «Гн» вместо «Игн» — результат фонетического упрощения, свойственного живой устной речи: безударный начальный гласный «и» часто отпадал, а сочетание «гн» произносилось твёрже. Если встретите фамилию Гнатышин или Гнатышина, можете быть уверены: её корни уходят в ту среду, где имя Игнатий звучало по-домашнему, по-простому — Гнатыша.