Фамилия Гнатышена звучит необычно для русского уха, и это подсказка: перед нами украинская фамилия, которая попала в русский контекст через смену окончания. Разберёмся по порядку.

В основе лежит имя Гнат — украинская народная форма канонического имени Игнатий (от латинского ignis — «огонь»). Суффикс -ыш- в украинской ономастике — уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный, как в словах «хлопчище» или «дiдуган». Соединяясь с именем, он даёт прозвище Гнатыш — «маленький Гнат» или «Гнатов сын». Далее к этой основе добавляется суффикс -енк(о), который в Украине был главным патронимическим показателем: Гнатышенко — буквально «потомок Гнатыша».

Фамилия Гнатышена — это русифицированная форма украинской фамилии Гнатышенко. В русской среде, особенно при переписи или в документах, окончание -енко часто заменяли на -ена, чтобы подогнать под модель склоняемых фамилий (как «Гнатышева»). Такая трансформация типична для переселенцев с Украины в южнорусские губернии (Курскую, Воронежскую, Ростовскую) в XVIII–XIX веках. Фактически, Гнатышена — это «окаменевшая» форма родительного падежа, которая закрепилась как фамилия.

Сравните с однокоренными: Гнатенко, Гнатов, Гнатишин. Вариант Гнатышена стоит особняком — он редкий и указывает не просто на происхождение от Гната, а на прозвище Гнатыш (вероятно, младшего сына или человека маленького роста). Встретить такую фамилию можно в основном в Воронежской и Ростовской областях, а также в Краснодарском крае, куда активно переселялись украинские крестьяне. Сословно предки, скорее всего, были казаками или государственными крестьянами — в дворянской среде украинские фамилии на -енко обычно не русифицировали.